逃走した「ST AR-15」を捜索すべくグリフィンから派遣されたネゲヴ小隊は、新たなハイエンドモデル「アルケミスト」と大量の鉄血による襲撃を受けてしまう。
敵の新兵器により分断された彼女たちを救うべく動き出したAR小隊と、またしても決断を迫られるジャンシアーヌ。
そして戦場の裏側で「M4A1」へと近づく影がいた――。