鉄血の「エージェント」に勝利した「M4A1」たちだったがグリフィンの支援小隊は全滅し、仲間も散り散りになってしまう。同じ頃、グ リフィン前線基地に着任した新人指揮官ジャンシアーヌは初任務を終え、人形たちと交流を深めていた。だが鉄血の新たな刺客 「スケアクロウ」が現れ、平穏は終わりを告げる──。