合流した「M16A1」と共に「イントゥルーダー」を打ち破った「M4A1」たちはAＲ小隊として活動を再開した。
エリート部隊であるAＲ小隊を訝しみながらも、「M4A1」らの日常を垣間見るジャンシアーヌへ与えられる招集命令。
極秘拠点へと赴き、同僚たちとの交流を深めるジャンシアーヌだったが、事態は急展開を迎えるのだった――。