STORY合流した「M16A1」と共に「イントゥルーダー」を打ち破った「M4A1」たちはAR小隊として活動を再開した。 エリート部隊であるAR小隊を訝しみながらも、「M4A1」らの日常を垣間見るジャンシアーヌへ与えられる招集命令。 極秘拠点へと赴き、同僚たちとの交流を深めるジャンシアーヌだったが、事態は急展開を迎えるのだった――。